中大新聞網(wǎng)訊 進(jìn)化遺傳學(xué)中的一個(gè)著名爭(zhēng)議是，是否需要通過(guò)劑量補(bǔ)償來(lái)解決X染色體和常染色體之間的基因劑量（X:AA）不平衡問(wèn)題。ScRNA-seq數(shù)據(jù)可以從單細(xì)胞水平深入地了解這個(gè)問(wèn)題。然而，進(jìn)行分析之前，必須仔細(xì)評(píng)估scRNA-seq的固有特性（例如稀疏性等）是否會(huì)使哺乳動(dòng)物的X:AA表達(dá)比率產(chǎn)生偏差。
近日，中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院陳小舒教授團(tuán)隊(duì)在Molecular Biology and Evolution在線發(fā)表題為”Human single-cell RNA-sequencing data supports the hypothesis of X chromosome insensitivity but is ineffective in testing the dosage compensation model”的研究論文，對(duì)scRNA-seq的固有特性進(jìn)行了全面的研究，以揭示其能否正確檢驗(yàn)劑量補(bǔ)償模型。
研究人員首先使用模擬scRNA-seq和bulk RNA-seq數(shù)據(jù)集評(píng)估了兩種常見的X:AA基因選擇策略，即按基因表達(dá)水平過(guò)濾和按基因表達(dá)比例過(guò)濾。他們發(fā)現(xiàn)這兩種策略都會(huì)產(chǎn)生夸大的X:AA表達(dá)比率，從而人為地支持劑量補(bǔ)償模型。
此外，盡管平均表達(dá)水平存在偏差，但研究人員發(fā)現(xiàn)scRNA-seq數(shù)據(jù)可用于檢測(cè)小至10%的X染色體與常染色體的表達(dá)噪聲的差異，從而能夠研究對(duì)基因劑量變化更不敏感的基因分布。對(duì)Smart-seq2數(shù)據(jù)的分析顯示，與常染色體相比，X染色體的表達(dá)噪聲增加了10-15%，X染色體上劑量敏感基因顯著減少。
總體而言，這些結(jié)果強(qiáng)調(diào)了在解釋scRNA-seq數(shù)據(jù)時(shí)需要非常謹(jǐn)慎，特別是在比較不同基因的表達(dá)水平時(shí)，并為X染色體不敏感的假設(shè)提供了額外的證據(jù)。
中山大學(xué)陳小舒教授是該文章的唯一通訊作者，團(tuán)隊(duì)成員22級(jí)博士研究生陳家璧是該文章的唯一第一作者。
