中大新聞網(wǎng)訊 進化遺傳學中的一個著名爭議是，是否需要通過劑量補償來解決X染色體和常染色體之間的基因劑量（X:AA）不平衡問題。ScRNA-seq數(shù)據(jù)可以從單細胞水平深入地了解這個問題。然而，進行分析之前，必須仔細評估scRNA-seq的固有特性（例如稀疏性等）是否會使哺乳動物的X:AA表達比率產(chǎn)生偏差。
近日，中山大學中山醫(yī)學院陳小舒教授團隊在Molecular Biology and Evolution在線發(fā)表題為”Human single-cell RNA-sequencing data supports the hypothesis of X chromosome insensitivity but is ineffective in testing the dosage compensation model”的研究論文，對scRNA-seq的固有特性進行了全面的研究，以揭示其能否正確檢驗劑量補償模型。
研究人員首先使用模擬scRNA-seq和bulk RNA-seq數(shù)據(jù)集評估了兩種常見的X:AA基因選擇策略，即按基因表達水平過濾和按基因表達比例過濾。他們發(fā)現(xiàn)這兩種策略都會產(chǎn)生夸大的X:AA表達比率，從而人為地支持劑量補償模型。
此外，盡管平均表達水平存在偏差，但研究人員發(fā)現(xiàn)scRNA-seq數(shù)據(jù)可用于檢測小至10%的X染色體與常染色體的表達噪聲的差異，從而能夠研究對基因劑量變化更不敏感的基因分布。對Smart-seq2數(shù)據(jù)的分析顯示，與常染色體相比，X染色體的表達噪聲增加了10-15%，X染色體上劑量敏感基因顯著減少。
總體而言，這些結果強調(diào)了在解釋scRNA-seq數(shù)據(jù)時需要非常謹慎，特別是在比較不同基因的表達水平時，并為X染色體不敏感的假設提供了額外的證據(jù)。
中山大學陳小舒教授是該文章的唯一通訊作者，團隊成員22級博士研究生陳家璧是該文章的唯一第一作者。
